Ещё одна проблема деноминационной системы заключается в том, что она зачастую подавляет то, что призвана защищать. Она эффективно разрушает то, что яростно стремится созидать. Как и ошибочное сектантское рвение, которым руководствовалась древняя Римская Католическая церковь, протестантские деноминации слишком уж часто опускаются до формы человеческих учреждений, которые готовы деспотично размахивать кулаками, угрожая всем инакомыслящим. Они искусно отстаивают «линию партии» и проклинают других за их мнимые доктринальные прегрешения.

Именно по этой причине Павел противится коринфским христианам, когда те деноминируют себя в разные отдельные группы (1 Кор. 1:11-13; 3:3-4). То, что Божья семья сегодня загоняется в партийную смирительную рубашку деноминационализма, лишено библейского оправдания — однако, сегодня всё это является частью христианской субкультуры, и мало кого беспокоит.

(Так сложилось, что многие так называемые неденоминационные, межденомонационные и постденоминационные церкви столь же иерархичны, как и основные деноминационные церкви. То же замечание будет справедливым и для многих современных христианских «движений». Их так же можно отнести к деноминационной системе.)

Что поражает ещё больше, так это тот факт, что деноминационная система на деле способствует распространению ереси — что противоречит самой причине существования деноминации. Задумайтесь над этим. Если бы была сохранена автономная природа каждой церкви, распространение заблуждения было бы ограничено, лишь одной конкретной заблуждающейся церковью. Однако когда заблуждение попадает в управляющую структуру деноминации, все церкви, связанные с ней будут подвержены распространению того же заблуждения. Таким образом, ересь распространяется намного шире.

Когда каждая церковь автономна, амбициозному лжеучителю будет крайне сложно восстать и захватить контроль над несколькими церквями. Так же невозможно себе представить появление в такой структуре взаимодействия церквей единой личности сродни Папе Римскому. В деноминации же всё иначе. В этом случае все подчинённые церкви либо устоят, либо падут вместе.

Можно с большой долей уверенности заявлять о том, что формирование деноминации равнозначно распространению ереси. Деноминации зачастую формируются тогда, когда группа христиан откалывается от большей части тела Христова ради следования собственной излюбленной доктрине или практике и создания собственного движения.

Грех ереси (греч. hairesis) — это действие, связанное с выбором следовать собственным догматам. Таким образом, человек может быть еретиком, используя истину, если он использует её для того, чтобы разделять Тело Христово Человек технически может быть ортодоксальным и при этом быть еретиком, используя ортодоксальные убеждения для разделения христиан между собой.

Хотя типичная учрежденческая церковь хвалится тем, что находится под «покровом» деноминации, в ней происходит намного меньше открытой подотчётности, осуществляемой лицом к лицу, нежели в органических церквях.

В средней евангельской церкви, к примеру, как говорится, пастор «покрывает» свою общину. Однако, в большинстве церквей такого рода большая часть общины едва знакома с пастором (уже не говоря, друг о друге). Нередко «прихожане» на воскресном богослужении говорят друг другу не более трёх предложений за время воскресной встречи. Для сравнения, в органических церквях все собратья знают друг друга достаточно близко. Это касается так же и приезжих служителей, которые трудятся в церкви (1 Фес. 5:12).

Как ни крути, «деноминационное покровительство» является искусственным. Оно превращает церковь Иисуса Христа в иерархическое общество, и к тому же оно плохо соответствует примеру Писания.